Наукові дослідження й організація наукової праці в Міжнародному  європейському університеті ґрунтуються на діалогічному звʼязку науки, навчання і практичних навичок, в академічній, професійній і соціальній сферах. Модель «викладання через дослідження», за допомогою якої викладачі надихають і мотивують студентів своїми науковими здобутками, безпосередньо зорієнтована на покращення якості освітніх послуг. Дослідницька праця викладачів, аспірантів і студентів зосереджена здебільшого в  навчально-наукових інститутах і на кафедрах Університету, а також у школах і навчально-дослідницьких центрах і програмах. Наукова діяльність в МЄУ опирається на засади академічної доброчесності та підтримується прозорою політикою надання внутрішніх ґрантів, премій і стипендій та інших форм заохочення.

Стратегія розвитку науки в МЄУ на  2021-2031 рр. передбачає вже у середньостратегічній перспективі видиму присутність і впізнаваність Університету на загальнонаціональному рівні й, в окремих сферах, також у міжнародному глобальному просторі як провідного дослідницького осередку зі своїми науковими школами та інститутами. У найближчій перспективі в Університеті заплановано відкриття Центру статистичних досліджень, а також науково-медичного Центру МЄУ;передбачається реалізація низки всеукраїнських і міжнародних проектів, створення власного  видавництва МЄУ.

Організація та координування наукової діяльності діяльності в Університеті здійснюється Науковим  відділом МЄУ .