Науковий відділ створено у 2019 році з метою координування науково-дослідної і видавничої діяльності МЄУ.  

Основними функціями та напрямками діяльності відділу є:

• співпраця із усіма науково-дослідними одиницями Університету, а також зовнішніми науковими структурами та інституціями;
• координування, заохочення та підтримка науково-дослідної діяльність кафедр, інститутів та центрів МЄУ;
• моніторинг усіх аспектів наукового життя Університету, аналітичне опрацювання інформації, що стосується наукової діяльності МЄУ;
• розробка та впровадження методів управління науковим процесом;
• надання на конкурсній основі фінансової підтримки наукових проектів та пропозицій, які надходять від викладачів кафедр та працівників інститутів і центрів МЄУ;
• організація діяльності аспірантури для підготовки фахівців на третьому – освітньо-науковому рівні вищої освіти;
• координування та нагляд за видавничою діяльністю Університету;

 Місія Наукового відділу – підтримувати на належному рівні наукову діяльність Університету та популяризувати її в академічних колах; створювати сприятливі умови для виховання молодих науковців, творення нових академічних спільнот, наукових шкіл, дослідницьких програм, докторських шкіл тощо.