Міжнародний європейський університет пройшов перевірку та оцінку системи управління якістю, за результатами яких 14 серпня 2020 року отримав відповідний сертифікат. Цей документ засвідчує, що послуги у сфері вищої освіти та інших видів освіти, які надаються в МЄУ, відповідають вимогам ДСТУ ISO 9001:2015. Сертифікат на систему управління якістю (№ SlC.MS.040.1SO9001.1693  дійсний до 13.08.2023 р.) також  гарантує, що всі процеси в університеті є керованими і перебувають під контролем керівництва.