Розвиток співробітництва серед наукових установ України також є невід’ємною частиною діяльності Університету.
20 грудня 2022 року Міжнародний Європейський Університет підписав рамкову угоду про партнерство та співпрацю з ДУ «Інститут економіки та прогнозування НАН України».
Документ передбачає співробітництво за відповідними напрямами науково-дослідної, освітньо-наукової, науково-педагогічної та науково-організаційної діяльності, зокрема, підготовки фахівців за третім (освітньо-науковим) і науковим рівнями вищої освіти, роботи спеціалізованих вчених рад щодо присудження наукових ступенів доктора філософії та доктора наук, проведення науково-прикладних досліджень за соціально-економічною та ін. тематикою тощо.
Метою угоди є розвиток і поглиблення співробітництва закладів у науковій та освітній галузях, зміцнення ними свого науково-дослідного, освітньо-наукового та науково-педагогічного потенціалу, що сприятиме кращій підготовці студентів.